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上海滬震實業有限公司
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閱讀:5189發布時間:2016-8-23
介紹了至今為止世上zui大人類基因變異數據庫,該基因庫凸顯出若干誤導罕見疾病的基因突變,以及可能對疾病扮演意想不到角色的其他突變。
據報道,2年前由多達100人的研究團隊建立了外顯子組(exome)超過1000萬變異的數據庫。研究作者們編制的該數據庫,利用來自20多個疾病研究的DNA數據進行分析。ExAC在2014年在網上公布,被查詢了超過500萬次。
外顯子組僅是人類基因組的一小部份,占DNA的不到2%,但具關鍵重要性。
每個人都有成千上萬個變異,而大部分基因變異屬良性。但缺乏幾近完整的可能DNA序列數據庫,科學家或醫師很難治療病患,挑出有害變異,把它們與特定情況連結起來。而外顯子組由基因編碼部位組成,即DNA的蛋白質表現區,發生錯誤會引發串聯式效應,導致疾病。
《自然》(Nature)期刊刊登的*個分析這個數據庫的研究,證實有很大的潛力可標出遺傳疾病成因。
研究作者麥克阿瑟(Daniel MacArthur)目前是美國麻省理工學院和哈佛大學的布洛德研究所(Broad Institute)醫學和人口遺傳學共同負責人,他說:“研究讓我們有能力發現罕見的變異,對窺探罕見遺傳疾病的根源,提供*窗口。”
外顯子組整合聯合(Exome Aggregation Consortium, ExAC)數據庫匯集數10個既有研究,試圖彌補不足。數據庫包含來自6萬多人的蛋白質編碼細部數據。
在這篇Nature封面研究發表的同一天,NEJM和Nature Genetics都各有一篇研究文章發表,都運用這個數據庫糾正了之前對DNA變異和疾病的觀點。
NEJM:利用ExAC數據庫可避免遺傳性誤診
同一天發表在NEJM的一篇文章指出,這種“遺傳性誤診”側重于一種遺傳性疾病稱為肥厚型心肌病。*,心臟肌肉變厚會影響泵血。
在一個實驗室檢測了三年的記錄中,發現有七名患者被告知他們攜帶了兩種與心臟病有的DNA變異。兩變種后來被重新分類為良性。其中有5名是非洲裔,如果這些變種的原始研究已經包含了足夠美國黑人的樣本,他們可能不會得出錯誤的結論。
科學家介紹新的數據庫ExAC,可以避免這樣的錯誤。它提供了一個比過去更全面的DNA變化的集合。來自歐洲,非洲,南亞,東亞和拉丁美洲血統的人大約1000萬個微小的變化已被列出。
Nature Genetics:利用ExAC數據庫可糾正拷貝數差異(CNV)
在同一天發布在Nature Genetics另一項研究中,在ExAC近6萬人的外顯子數據中分析了罕見拷貝數差異(CNV)的比例和特性。研究發現就平均而言,個人帶有0.81個刪除的1.75個重復的基因,大多數人(70%)攜帶至少一種罕見的基因CNV。
對于每個基因,研究人員憑經驗估計了對CNV的相對容忍度,證實了基于單核苷酸變異(SNV)基因限制的檢測是和保持進化的分析獨立相關的。研究文章指出對于精神分裂癥患者,受CNVs影響的基因比對照組更寬容。
ExAC 的CNV數據在人類基因差異譜系中是一個重要的組成部分,有助于個人基因組的揭示和人群疾病的研究。
Nature:利用ExAC數據庫,醫學更接近真實
在Nature文章中的分析對于運用ExAC如何指出過去的錯誤提供了另一個例子。研究人員分析了192個之前認為和疾病相關的DNA差異,但在ExAC中顯示實際在一般人群中也是非常普遍的。
研究人員發現在新的標準下,至少163例該被重新歸類為良性或者可能是良性。在去年11月,研究者報道了126種這樣的差異被重新分類。
但是科學家們指出比ExAC更大的數據庫也需要地將遺傳變異到疾病或者排除,未來,我們還有很長的路要走。
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