（一）組織化學（histochemistry）：一般稱為特殊染色，基本原理是通過應用某些能與組織細胞化學成分特異性結合的顯色試劑，定位地顯示組織細胞的特殊化學成分并保持原有的形態學改變，對一些代謝性疾病的診斷具有一定的參考價值。通過光鏡或電鏡觀察，可以檢測組織切片內的蛋白質、糖類、脂類、酶類、核酸與某些金屬元素等。
1.過碘酸雪夫氏染色（periodic acid-schiff stain，PAS染色）：過碘酸是一種氧化劑，它能氧化糖類及有關物質中的1.2乙二醇基使之變為二醛，醛與Schiff氏試劑結合，形成紅色的取代色素而得到定位。PAS染色可顯示糖原、中性黏液物質、基底膜、軟骨、垂體、霉菌
及寄生蟲等物質。是廣泛應用的染色方法。在腎小球腎炎時PAS染色可顯示基底膜和系膜區的改變。
染色方法：
（1）切片按常規脫蠟水洗，再用蒸餾水洗滌。
（2）0.5%~1％過碘酸水溶液氧化5~10min。
（3）蒸餾水充分洗滌，至少3次。
（4）Schiff氏試劑染10~30min。
（5）傾去染液后，直接用亞硫酸沖洗液處理切片3次，每次2 min，以達到分化。
（6）自來水沖洗5~10 min，使之顯現出紅色。然后蒸餾水洗1次。
（7）明礬蘇木精染核，自來水充分洗滌。
（8）95%乙醇及無水乙醇脫水、二甲苯透明、中性樹膠封固。
結果判定：PAS陽性物質呈鮮紫紅色，其它組織淡粉紅色，細胞核呈淺藍色。
2.結締組織的染色方法
一般所說的結締組織是指纖維性結締組織而言，其結構特點是細胞間質內基質外含有較多的纖維成分，主要是膠原纖維、彈性纖維和網狀纖維，我們僅簡述這三種纖維的常見染色方法。
（1）Mallory三色染色法：常用于判定多種組織、器官的病變程度及修復情況，區分腫瘤組織中的纖維成分與平滑肌。
染色步驟：
①中性甲醛液固定組織，石蠟切片，常規脫蠟至水。
②重鉻酸鉀液10min。
③蒸餾水沖洗2min，蒸餾水2次。
④酸性復紅液2min，蒸餾水稍洗。
⑤苯胺藍液20min，95%乙醇快速分化。
⑥直接用無水乙醇脫水，二甲苯透明，中性樹膠封固。
結果判定：膠原和網狀纖維呈藍色。
（2）Van Gieson苦味酸酸性復紅法：可以顯示組織、器官的損傷、修復及硬化情況，特別是用于鑒別腫瘤組織中的膠原纖維與平滑肌纖維，可為診斷提供重要依據。
染色步驟：
①組織切片按常規脫蠟水洗。
②用Weigert蘇木素液染細胞核5~l0 min。
③自來水充分洗滌數分鐘。
④用顯微鏡檢查細胞核的著色程度，過深可用0.5%鹽酸乙醇分化。
⑤自來水洗至變藍；用蒸餾水洗。
⑥用Van Gieson液染1~5 min。
⑦傾去染液，直接用95%乙醇分化和脫水。
⑧無水乙醇脫水，二甲苯透明，中性樹膠封固。
結果判定： 膠原纖維呈深粉紅色，肌纖維、胞漿及紅細胞黃色，細胞核呈棕黑色或蘭黑色。
