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公司動態

基因組的組裝

閱讀:568發布時間:2015-7-7

ELISA試劑盒一旦錯誤已被剔除,研究人員就可以開始基因組組裝。這個過程依賴計算機程序在重疊區域加入k-mers——由固定數量(K)的堿基組成的短DNA序列,從而它們形成一個連續的序列,或重疊群(contig)。如果基因組之前已經被測序,科學家可以使用記錄的基因注釋作為參考,來排列讀數。如果不是,他們需要進行從頭組裝,創造一個全新的contigs目錄。

從頭組裝十分的內存密集型,直到zui近,還沒有人能成功地弄清如何在分布式內存中并行化這個過程。所以,許多研究人員使用專門的大容量存儲器節點,有幾兆兆字節的大小,來進行這項工作。但是,即使市售的zui大的存儲節點,也不足以組裝像小麥或松樹這樣的大規模基因組。ELISA試劑盒盡管以前研究人員試圖用超級計算機克服這種內存限制,但低效的代碼意味著,仍然需要幾個小時、幾天甚至幾個月來組裝一個單一的基因組。

ELISA試劑盒為了有效利用大規模并行系統,Georganas創造了一種新的從頭組裝算法,利用UPC (Unified Parallel C)編程語言的單邊通信和分區全局定址空間(PGAS)能力。基本上,PGAS可讓研究人員處理每個超級節點上獨立的內存,這會減少超級計算機交換節點之間信息的時間和精力。
多烯*    Docetaxel,99%    114977-28-5
1,1'-羰基二吡咯    1,1'-Carbonyldipyrrolidine;Bis(tetram...    81759-25-3
2-氯-1,3-二甲基咪...    2-?Chloro-?4,5-?dihydro-?1,3-?dimethyl...    101385-69-7
6-氯-1-羥基苯并三...    6-Chloro-1-hydroxibenzotriazol,99%    26198-19-6
2-氯-1-代吡啶    2-Chloro-1-methylpyridinium iodide,97%    14338-32-0
4,5-二氰基咪唑    4,5-Dicyanoimidazole,99.0%    1122-28-7
4-甲氧基肉桂酸    4-Methoxycinnamic acid, predominantly ...    830-09-1
反-4-甲氧基肉桂酸    4-Methoxycinnamic acid,≥98.0%    943-89-5
1,2-二氫-2-異丁氧...    Isobutyl 1,2-dihydro-2-isobutoxy-1-qui...    38428-14-7
2-嗎啉基乙基異腈    2-Morpholinoethyl isocyanide,≥98.0%    78375-48-1


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