基因組編輯技術的研究進展，增加了這樣一種可能性：不需要引入外源基因，就可以對水果和其他作物進行遺傳改良。如果人們意識到這些生物技術的新穎不同之處，基因編輯的水果可能就會比轉基因生物（GMOs）獲得更大的社會認同，尤其是在歐洲。這可能意味著，GMOs的基因編輯版本——如產生更多*的“超級香蕉"和切開后不會變褐色的蘋果等新奇品種，可能會出現在雜貨店架上。簡單地避免導入外源基因，可使基因編輯作物比插入外源基因的轉基因作物更加的‘天然。
例如，通過微小的遺傳調節，增加或降低植物細胞已經制造的天然成分的數量，可以改變水果的特性。在今天，因為CRISPR、TALEN等等新工具的出現，也因為廣泛和不斷增長的水果基因組知識，水果的基因組編輯已經成為可能。
到目前為止，基因編輯工具還未應用到水果作物的遺傳改良。大多數轉基因水果作物，是通過利用植物細菌導入外源基因開發出來的，而且只有木瓜已經商業化，在某種程度上是因為歐盟的嚴格監管。研究人員說，基因編輯植物，是通過插入、刪除或改變現有感興趣的基因來改良作物，根據歐盟委員會和成員國監管機構的解釋，甚至可能被視為非轉基因改造。
水果作物只是基因編輯生物（GEOs）幾十個未來可能的應用程序中的一個例子。這將為開發具有優良品質的作物，并可能允許它們在目前轉基因生物遭到嚴厲批評和爭議的國家中商業化，打開一條新的途徑。希望人們能夠理解，通過生物技術的作物育種，不僅僅局限于轉基因生物。外源基因轉移是改良作物的*步，但是基因編輯生物將作為一種‘自然’策略，把生物技術用于未來的農業可持續發展。
